O serviço de medicina interna é dedicado á consulta de animais doentes, acompanhamento,  e encaminhamento para cirurgia ou hospitalização. Articula-se com o serviços de imagiologia e de análises clinicas.Funciona para os utenets do hospital e de serviço de referência para outros centros de atendimento médico-veterinário.

 Este serviço funciona 24 horas, sendo por ordem de chegada durante o horário de 10.00h -13-h e 15.00h ás 21.00h. No horário nocturno atende somente as urgências médicas que  são efectuadas por grau de gravidade do caso.