A partir do dia 1 de Julho de 2008 a aposição de microchip será obrigatória para todos os cães nascidos após essa data.A Identificação Electrónica é um dos meios usados desde há 15 anos no continente europeu para diminuir  a perda ou roubo de cães e gatos, consistindo na  colocação sob a pele do animal de um microchip com um número de identificação único no mundo registado em uma base de dados  que tem o seu contacto.  

Muito eficaz em caso de furtos  ou perdas de animais. O microchip tem as dimensões aproximadas de um bago de arroz não constituindo incómodo para o animal.Podem ser colocados em cães, gatos, animais exóticos e aves.

Este chip é colocado  de forma indolor com uma agulha lateralmente ao pescoço do animal tornando impossível a sua detecção ( excepto com o uso de um leitor próprio) e remoção.

Existem duas bases de dados presentamente em Portugal.

1-(SIRA) No caso da base de dados do Sindicato dos Médicos Veterinários ( SIRA), aquando do desaparecimento de um animal, efectuada uma comunicação ao Sindicato dos Médicos Veterinários que emite uma circular com o nº do chip e os dados do animal desaparecido a todas as clinicas veterinárias tornando impossível a passagem indetectada do mesmo por uma delas, desde que essa tenha o leitor de chips.   

2-(SICAFE) Foi criado pelo Estado o Sistema de Identificação de Caninos e Felinos (SICAFE), que estabelece as exigências em matéria de identificação electrónica de cães e gatos, enquanto animais de companhia, e o seu registo numa base de dados nacional

Com a publicação dos Decretos-Leis n.o 312/2003, 313/2003, 314/2003 e 315/2003, de 17 de Dezembro, e respectivas portarias complementares em fase de publicação, estabelecem-se novas regras para a detenção de animais de companhia, tendo em vista, nomeadamente, reforçar a protecção dos animais, prevenir e combater o seu abandono, controlar a detenção de animais perigosos e potencialmente perigosos e reforçar as medidas sanitárias.

Do referido conjunto legislativo, merece-nos particular destaque o Decreto-Lei n.o 313/2003 que cria o Sistema de Identificação de Caninos e Felinos (SICAFE), no âmbito do qual se estabelece a obrigatoriedade de identificação electrónica de cães e gatos e o seu registo numa base de dados nacional, condição que se torna obrigatória, a partir de Julho de 2004, para todos os cães utilizados em acto venatório, entre outros.

O método consiste na introdução, sob a pele do animal, de um microchip contendo um código de identificação de leitura óptica, o qual passará a constar de uma base de dados nacional, onde constará também a identificação do seu detentor.

Pretende-se, assim, estabelecer, de forma inequívoca, a relacionação entre o animal e o detentor, tendo como principal objectivo a prevenção do abandono de animais.
A partir de 1 de Julho de 2004, devem encontrar-se devidamente identificados todos os cães utilizados em actos venatórios, bem como os cães perigosos ou potencialmente perigosos, tal como definido em legislação própria, e os cães em exposição, para fins comerciais ou lucrativos, em estabelecimentos de venda, locais de criação, feiras, concursos, provas funcionais, publicidade ou similares.

Estabelece-se, também, na referida legislação, que a identificação deve ser efectuada a partir dos 3 meses de idade do animal (entre os 3 e os 6 meses quando se trata de um animal jovem) e só pode ser efectuada por um médico veterinário, através da aplicação subcutânea de uma cápsula no centro da face esquerda do pescoço.
Depois de identificado o animal, o médico veterinário deve preencher uma ficha de registo, em triplicado, e apor a etiqueta com o número de identificação do animal no respectivo boletim sanitário, bem como no original, duplicado e triplicado da ficha de registo.
O original e o duplicado da ficha de registo são entregues ao detentor do animal, permanecendo o triplicado na posse do médico-veterinário que procedeu à identificação.

A identificação dos cães e gatos poderá ser efectuada em regime de campanha, se assim for determinado pela Direcção-Geral de Veterinária, anunciando através de Aviso a publicar no Diário da República, os moldes em que a mesma decorrerá, devendo as Direcções Regionais de Agricultura publicitá-la na área da sua respectiva jurisdição, por meio de editais a afixar em locais públicos, de forma a permitir a sua ampla divulgação. .
À campanha de identificação são aplicáveis, com as necessárias adaptações, as disposições da Portaria n° 81/2002, de 24 de Janeiro, relativas à vacinação anti-rábica em regime de campanha.

pós a identificação, deve ser efectuado o registo do animal, no prazo de 30 dias, na junta de freguesia da área de residência do detentor, mediante apresentação do Boletim Sanitário de Cães e Gatos e entrega do original ou duplicado da ficha de registo prevista no Sistema de Identificação de Caninos e Felinos (SICAFE), ambos devidamente preenchidos por médico veterinário.

O acto de registo consiste na introdução na base de dados nacional do SICAFE dos elementos de identificação do animal e do detentor que constam da Ficha de Registo, bem como de outros campos previstos na base de dados.

A morte ou desaparecimento do cão deverá ser comunicada pelo detentor ou seu representante, nos termos do disposto no SICAFE, à respectiva junta de freguesia, sob pena de presunção de abandono, punido nos termos do disposto no Decreto-Lei n° 315/2003, de 17 de Dezembro.

A transferência do titular do registo é efectuada na junta de freguesia, que procederá ao seu averbamento no Boletim Sanitário de Cães e Gatos, mediante requerimento do novo detentor, competindo à junta de freguesia efectuar as actualizações na base de dados nacional.

Tal como até agora, a mera detenção, posse e circulação de cães carece de licença, requerida nas juntas de freguesia aquando do registo do animal, e que deve ser renovada todos os anos, sob pena de caducar.

As licenças e as suas renovações anuais, as quais passam a poder ser obtidas em qualquer época do ano, só são emitidas mediante a apresentação dos seguintes documentos:

) Boletim Sanitário de Cães e Gatos;

b) Prova de identificação electrónica, quando seja obrigatória, comprovada pela etiqueta com o número de identificação;

c) Prova da realização dos actos de profilaxia médica declarados obrigatórios para esse ano, comprovada pelas respectivas vinhetas oficiais, ou atestado de isenção dos actos de profilaxia médica emitido por médico veterinário;

d) Exibição da carta de caçador actualizada, no caso dos cães de caça;

e) Declaração dos bens a guardar, assinada pelo detentor ou pelos seus representantes, no caso dos cães de guarda;

f) Documentação referida em legislação específica no caso dos animais ditos  perigosos e potencialmente perigosos.

A taxa devida pelo registo e licenciamento de canídeos é aprovada pela assembleia de freguesia e cobrada pela respectiva junta de freguesia, variando de acordo com a categoria do animal.

A junta de freguesia, ao proceder ao registo e ao licenciamento dos cães e gatos, colocará um selo ou carimbo no espaço para isso reservado no Boletim Sanitário de Cães ou Gatos, após emissão de recibo referente ao valor da taxa cobrada.